Образовательное учреждение расположено на окраине города Долгопрудный. Микрорайон, где расположена гимназия, ограничен с одной стороны каналом им. Москвы. Микрорайон включает дома застройки 50 – 60-ых годов, а так же 90-ых. В настоящее время в южном направлении возведен жилой массив – микрорайон Центральный. Социальный состав населения неоднороден. В домах застройки 50 - 60-ых годов проживают семьи рабочих городских предприятий, колхоза «Красная нива», работники социальной сферы. Выделяются особой группой сотрудники аэропорта Шереметьево, преподаватели и слушатели Академии МВД. Социальный состав населения микрорайона изменился в связи со сдачей в эксплуатацию жилых домов в микрорайоне Центральный, в котором приобрели жилье люди, ранее проживающие в различных регионах России, а так же в странах СНГ. Он стал более неоднородным и сложным, а образовательные запросы его стали более разнообразными.
АОУ гимназия № 13 начала свою деятельность с введением в строй ее первой очереди и зарегистрирована Постановлением Главы Администрации № 895 от 09.08.1994 г., т.е. год основания - 1994, директор - Якунина Галина Викторовна
1996 - получен статус - муниципальная общеобразовательная гимназия №13
В 1997 году завершилось строительство второй очереди здания, и в сентябре того же года образовательное учреждение было зарегистрировано в областной регистрационной Палате.
Директор в 2000-2001 уч.году - Конечных Ирина Николаевна
С 2001 по 2009 год - директор Пронина Татьяна Петровна
Изменилось название - муниципальное общеобразовательное учреждение гимназия №13
Директор в 2009-2010 уч.году - Алексеева Ирина Станиславовна
С 2010 по 2014 год - Герасимова Марина Александровна
22.06.2011 г. создано автономное общеобразовательное учреждение муниципального образования г. Долгопрудного гимназия № 13 (АОУ гимназия №13) путём изменения типа существующего муниципального общеобразовательного учреждения гимназии № 13 г. Долгопрудный (Гимназия №13) в соответствии с Постановлением Главы города от 22.06.2011 г №40-ПГ “О создании автономного общеобразовательного учреждения путём изменения типа муниципального общеобразовательного учреждения”.
В 2014 г. назначен новый директор Степаненкова Екатерина Викторовна.
http://dolgop13g.narod.ru